密集書架有一部分缺點：首先是費用太高，除非有較寬裕的預(yù)算，否則不容易將密集書架的各項設(shè)施（如炤明和控制設(shè)施）完全具備。其次是書架的安全性，其中包括了對一般使用和地震時的安全顧慮。由于技術(shù)上的改良，密集書架已由早先的機械式改為電動式操作，使用者只要依照步驟來操作安全性是很高的。然而密集書架在地震時的安全性始終難以完全掌握，大地震來臨時，仍然很容易受到傷害。
